A Mistérios S.A. quando eles estão em Chicago para acompanhar um show de talentos, fazer algumas visitas a museus e comer um bocado de pizzas! A cidade marcada pelas ventanias é lar para o popular show de TV Estrela de Talento, no qual a dupla de compositores Fred e Daphne são finalistas e com grandes chances de vencer. Sem serem deixados de lado, Scooby e Salsicha têm uma pequena contribuição nos trabalhos nos quais eles apostam que vencerão indiscutivelmente o concurso. Por um tremendo azar,

Scooby-Doo e sua turma enfrentam uma aventura eletrizante quando são atirados em um jogo de computador de alta tecnologia. Quando Scooby-Doo e o pessoal da Mistério S. A. tentam capturar o Vírus Fantasma, eles são transportados acidentalmente para um jogo baseado nas suas próprias aventuras. Enquanto procuram o Vírus Fantasma pelos dez níveis do jogo, a turma viaja do passado pré-histórico ao futuro e enfrenta confusões com uma horda horripilante de vilões virtuais.

Scooby-Doo e seus amigos embarcam em uma emocionante jornada em busca do do misterioso baú perdido contendo os espíritos de 12 perigosos fantasmas, na intenção de capturar o 13º fantasma que escapou. Enquanto o mundo inteiro está em perigo pela ameaça do ser fantasmagórico, eles precisam correr contra o tempo para solucionar mais um mistério.

Tentando deixar os dias de resolução de mistérios para trás, a turma do Scooby tira férias em uma ilha tropical, mas o sossego não dura muito... porque um exército de zumbis os espera!

Scooby Doo juntamente com sua nova turma Scrappy Doo e Shaggy vão para uma nova e engraçada aventura em busca de uma herança em uma casa mal assombrada. Para encontrá-la eles terão que enfrentar seus próprios fantasmas além de passagens secretas, esqueletos e muitas outras coisas assustadoras.

A equipa da "Mistério S.A." arranjam trabalhos de Verão num campo de férias pertencente ao tio da Daphne, onde se deparam com acontecimentos estranhos em redor do lago - incluindo pedras-da-lua, personagens assustadores e um Monstro Sapo à solta. Existe mistério e romance no ar que apenas Fred, Velma, Daphne, Salsicha e Scooby-Doo conseguem desvendar.

Salsicha, Scooby-Doo e toda a turma desembarcam nas belíssimas praias do Havaí para o Concurso de Surfe Big Kahuna de Hanahuna. Lá, porém, descobrem que existe um terrível monstro pronto para mostrar-lhes o verdadeiro significado da palavra medo.

Scooby-Doo e seus amigos partem em uma aventura inesquecível na Nova Inglaterra, onde investigam a assombração de uma pousada colonial histórica.

O combate ao crime é um trabalho em tempo integral e Batman nunca tira férias. Isso até quando ele finalmente concorda em deixar Batgirl e Asa Noturna levá-lo para uma merecida viagem – deixando a cidade de Gotham sob os olhares atentos da Liga da Justiça. Mas Batman está longe de tirar um descanso quando o trio encontra um velho inimigo em sua aventura, e a Liga da Justiça descobre o quão ocupado Batman fica no dia a dia.

Na trama, o Flash Reverso usa a força de aceleração para voltar no tempo e afetar a vida do Flash. Batman, Superman, Mulher-Maravilha, Ciborgue, Zatanna e Senhor Destino são alguns dos personagens do filme.

Com a Liga da Justiça recém formada, o crime não avança em Metropolis. Isso irrita muito a Lex Luthor, então ele com Black Manta, Sinestro e outros vilões, cria sua própria liga, a Legião do Mal, para atacar um site top-secret do governo, a Área 52. Superman, Batman, Wonder Woman e outros super herois vão enfrentar os maiores super-vilões.

Esta adaptação do videogame apresenta Batman, Flash, Mulher Maravilha, Lanterna Verde, Coringa e mesmo Yoda e Indiana Jones em uma aventura cômica, parodiando os filmes de super-heróis. Esta Liga da Justiça deve combater os vilões Lex Luthor e Coringa, que pretendem destruir a cidade de Gotham.